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Resumo A expansão da agricultura na área de transição Amazônia-Savana diminuiu muito a cobertura florestal, influenciando a estrutura e o funcionamento dos sistemas de riachos. Avaliamos o efeito da perda de cobertura florestal na integridade dos riachos avaliando as condições físicas do ambiente e a diversidade taxonômica e funcional das assembleias de peixes nesta área de transição. Nossa hipótese é que a baixa cobertura florestal, especialmente adjacente ao riacho, resulta em más condições físicas (por exemplo, temperaturas mais quentes, e menos estrutura física) o que por sua vez diminuirá os valores da diversidade taxonômica e funcional das assembleias de peixes. Detectamos que a perda de cobertura florestal afeta negativamente as condições naturais e reduz a diversidade funcional das assembleias de peixes, mas não encontramos um efeito para a diversidade taxonômica. Predadores de emboscada e espreita, catadores de superfície diurnos, pastores, catadores e navegadores foram os grupos funcionais que tiveram a relação mais forte com ambientes alterados. Esses grupos podem explorar diferentes nichos, tanto com características naturais quanto alterados pela ação antrópica. Nossos resultados sugerem a preservação da zona ripária a fim de evitar a perda de espécies especializadas das assembleias de peixes de riachos.